En 1663 los padres agustinos comenzaron las obras, aprovechando unas casas cerca del Coso de Zaragoza, llamadas de la Mantería por estar instalado en la zona el gremio de manteros, para la construcción de un colegio de la Orden, puesto bajo la advocación de Santo Tomás de Villanueva. Las obras ocuparon el período de 1663 a 1666, y de ellas tan sólo se conservan hoy la Iglesia y el claustro a ella contiguo.

La Iglesia ocupa la parte más noble del conjunto, presentando su fachada principal a la plaza de San Roque, patrón del gremio de los manteros. Dicha fachada, entre otros detalles de interés, presenta dos efigies de San Agustín y Santo Tomás de Villanueva en sendas hornacinas, un remate de movido dibujo barroco en el coronamiento, y dos esbeltas torrecillas, constituidas por delgadas y largas pilastras que sostienen un cuerpo terminal en forma de esbelto templete, obteniendo así un efecto de airosa ligereza.

Pero el mayor interés se encuentra en las pinturas murales del interior de un templo de planta de cruz latina, constituido por una sola nave, dividido en tres tramos por el crucero, con sus brazos de un solo tramo, y cabecera igualmente formada por un tramo. Todos estos tramos se cubren con cúpulas ovaladas, desarrollándose las de los brazos del crucero, según norma estética y constructivamente impuesta, con arreglo a un eje perpendicular al de la nave. El crucero se cubre con gran cúpula esférica.

La decoración mural, realizada al temple por Claudio Coello entre 1683 y 1685 con la colaboración de su discípulo Sebastián Muñoz, muestra una espléndida riqueza de efectos plásticos decorativos, que suplen con creces la carencia absoluta de ornamentación arquitectónica. El vigoroso relieve se obtiene no sólo en la reproducción de las molduras, de los roleos, cornucopias y arquitecturas que avanzan y se recogen en movimientos atrevidos de gran aparato escénico, sino también en los angelotes o santos que se agitan y mueven, bien al realizar un esfuerzo de sostén o al iniciar la marcha sobre los plintos en que se apoyan. Todo ello constituye una de las más exuberantes manifestaciones del espíritu barroco.

Claudio Coello se dejó influir en el abrumador decorativismo de la Mantería por la decoración fantástica e ilusionista de José Jiménez Donoso, que ya colaboró con Coello tanto en la decoración de la pequeña sacristía de Toledo, como en la de la sala madrileña de la Panadería.

Todo el templo estuvo decorado con pinturas murales a partir del zócalo, quedando hoy tan sólo las que cubren desde la cornisa toda la organización del techo. La ausencia de pinturas se debe al hecho de haber sido utilizada la Iglesia después de la Desamortización para almacén de maderas, alcanzando las pilas a deteriorar la decoración pictórica, bastante débil de por sí debido a su ejecución al temple y no al fresco. Al ser adquirido el convento por las Escolapias para fundar su colegio, cubrieron con un enlucido de pintura uniforme todo el interés de la iglesia hasta la cornisa, respetando la parte superior, que aún tenía en buen aspecto la decoración. Lo mismo ocurrió con el claustro, cuyas bóvedas se hallaban igualmente pintadas.

Ya en 1953 el historiador Chamoso Lamas denunciaba en su publicación sobre los murales de la Mantería el mal estado de las pinturas: bastante deterioradas y sucias por falta de labor restauradora. Casi 45 años después, el 1 de junio de 1997, el rotativo Heraldo de Aragón publicaba un artículo de APUDEPA donde advertía que el deterioro de las pinturas era tal que, de no intervenir urgentemente, podían perderse para siempre; así mismo, denunciaban la poco rigurosa y totalmente desafortunada intervención de 1958, con repintes y una intervención excesiva en algunas zonas, y la carencia de labor restauradora en 1987, cuando fue intervenida la Iglesia pero no los espectaculares murales que decoran su interior.

La tragedia llegó el 31 de mayo de 2001, cuando se produjo el derrumbe de parte de una de las cúpulas del lateral izquierdo (imagen superior). Tres años antes, el Gobierno de Aragón inició labores de consolidación de las pinturas de la Iglesia, que goza de la categoría de Bien de Interés Cultural (BIC), a cargo de una escuela taller que, a instancias de la DGA y el INEM, trabajaba en el recinto; de hecho, una profesora y una alumna del módulo de restauración de Arte Romano de la misma resultaron heridas tras un desplome que paralizó el trabajo en las pinturas, debiendo afrontarse tanto la restauración de dicha bóveda -se recogieron 14.000 fragmentos, algunos de ellos diminutos e irrecuperables, que se numeraron y documentaron- como el refuerzo de la estructura de la Iglesia y la consolidación del resto de las cúpulas, además de arreglar los tejados para evitar la entrada de aguas que deterioraban las pinturas.

El 9 de enero de 2017, Javier Domínguez, guía de turismo de Aragón, publicaba en su blog Lagarto Rojo fotografías y un vídeo sobre el estado actual de los murales, alertando nuevamente sobre el deplorable estado de conservación de unas pinturas de calidad incuestionable, hasta tal punto de considerarlas una de las obras maestras de Coello junto con las pinturas de la sacristía del monasterio de El Escorial.

Dichas pinturas aún permanecen en estado crítico. Los expertos aseguran que de no acometer de inmediato una restauración integral, este magnífico conjunto podría perderse definitivamente. Los problemas que presentan son de diversa índole: por un lado, la delicada estructura de los cupulines laterales, de forma elíptica -uno de ellos, como hemos dicho, ya se derrumbó; por otro lado, las humedades que suben desde el suelo y que en algún muro llegan a afectar al 96% de la superficie; por último, una intervención anterior defectuosa que obligó a retirar capas de pintura. Estas actuaciones no podrían ser simultáneas, lo que retrasaría aún más su final. Mientras, las escolapias afirman que al barrer encuentran restos de pigmentos desprendidos de las cúpulas.

Así mismo, Domínguez afirma que, al estar los muros de la iglesia cubiertos por una capa de pintura blanca, no sabemos con exactitud cuánto de la obra de Coello se conserva bajo ella. Quizá haya algunos restos o quizá no quede nada. En todo caso, su recuperación no es prioritaria, ya que, de haber algo, está protegido. Lo que sí es urgente es restaurar y poner en valor las magníficas pinturas de la parte superior.