Tras casi trece años de cierre, la Parroquia de San Pedro de Córdoba se reabrió el 7 de Marzo del año 1998, pronto hará una década. Un solemne acto que contó con la asistencia de representantes de Cajasur, el Obispado, el Cabildo y la Junta de Andalucía, con discursos y parabienes mutuos, sirvió para que vecinos, feligreses y ciudadanos en general comprobaran el alcance de la restauración. Unos días después el obispo, a la sazón Javier Martínez, consagró el nuevo altar y celebró la primera misa en el templo restaurado de San Pedro. Y hubo que esperar a finales de junio para que la recuperación se diera por terminada a efectos devocionales, con el retorno a la Capilla del Sagrario de la urna de los Santos Mártires.

La larga espera había tenido su punto más difícil en el otoño de 1993, cuando el desprendimiento de una cornisa exterior hizo necesaria la actuación de los bomberos y sembró la alarma en feligreses y vecinos. El templo llevaba cerrado desde el 19 de mayo de 1985, y las obras de restauración, iniciadas poco después de la clausura, habían sido efímeras y llevaban interrumpidas varios años, debido tanto a los problemas técnicos que se presentaron como a las diferencias de criterio entre los arquitectos del Obispado y de la Junta de Andalucía.

En 1993, el interior de la histórica iglesia ofrecía un aspecto desolador. Una espesa alfombra de plumas y cáscaras de huevos de paloma cubría en su totalidad el suelo, y hasta la "paloma" que alegorizaba el Espíritu Santo en lo alto del retablo estaba vuelta de espaldas, como si no quisiera ver el desaguisado que había a ras de tierra. Además, faltaba la mayoría de las imágenes y retablos que había antes del cierre: el de las Ánimas -un retablo de madera imitando mármol neoclásico que ocupaba un amplio espacio en el muro del Evangelio- había desaparecido, y también el de San José, emplazado en el muro de la epístola, cerca de la puerta principal.

Con la restauración que se acabó en 1998, la Parroquia de San Pedro, que sería elevada al rango de basílica en noviembre del año 2005, estaba salvada desde el punto de vista arquitectónico, pero había cambiado significativamente su aspecto y en gran parte había dejado de ofrecer el aspecto que Ramírez de Arellano describió en sus Paseos por Córdoba en 1873, y que se había mantenido como mínimo durante siglo y medio.

Por ejemplo, al reabrirse la iglesia pudo comprobarse que se habían eliminado los falsos techos abovedados que rebajaban la altura real de las naves y ocultaban los artesonados; también se había puesto en su lugar original un rosetón, aunque de aspecto novedoso por no haber documentación sobre el primitivo. Pero otros cambios decorativos suscitaron división de opiniones: la desaparición de varios retablos y la drástica reducción del número de bancos dejó las naves laterales más espaciadas, pero con una sensación de desnudez a la que los feligreses no estaban acostumbrados.

El retablo del Cristo de las Ánimas, que ya faltaba en el año 1993, había sido trasladado a la localidad cordobesa de Castro del Río, donde hoy ocupa el altar mayor de la Iglesia de Nuestra Señora del Carmen; en esta localidad, la imagen de un Crucificado de hechura contemporánea cubre el espacio dejado por el cuadro central, un lienzo de regular mérito que quedó en San Pedro, donde se exhibe austeramente en una pared lateral alejada de su antiguo emplazamiento. Por su parte, el retablo de San José se colocó -sin la imagen titular, una obra de serie de principios del siglo XX producida en los talleres gerundenses de Olot- en el presbiterio de la Parroquia de Santa Victoria del barrio cordobés del Naranjo, y allí sigue.

Llamó la atención también la desaparición de la imagen de San Pedro que presidía la hornacina del retablo principal, que pasó a ser ocupado por la Virgen de la Esperanza, valiosa obra del escultor e imaginero Alonso Gómez de Sandoval (siglo XVIII), que a su vez había sido trasladada de su altar original, al que pasó una imagen de pequeño tamaño de la Virgen del Rosario, hasta entonces retirada del culto.

El santo titular de la parroquia pasaría a estar representado solamente por un cuadro de mediados del siglo XVII, que se colocó en el ábside de la nave de la epístola, adonde llegó procedente del despacho parroquial anexo al templo -que también fue demolido- en sustitución de una imagen olotense del Sagrado Corazón de Jesús que se retiró del culto. La capilla del Cristo de la Misericordia, restaurada a expensas de su hermandad en el año 1975, fue asimismo modificada para ponerla en sintonía con el "nuevo" aspecto de la iglesia.

Para que los cambios afectaran a la totalidad del templo -excepto la capilla del Sagrario- una imagen académica de San Sebastián, que llevaba más de un siglo venerándose en una hornacina lateral entre el sagrario y la puerta de la sacristía, había hecho "mutis por el foro", dejando su espacio a una imagen de San José.

No sólo habían cambiado de sitio retablos o esculturas. El ajuar litúrgico de San Pedro también se vio afectado por la restauración. Hasta 1985 podía admirarse en una vitrina de la sacristía un valiosísimo conjunto de casulla y dalmáticas de terciopelo negro con bordados de plata para misas de difuntos. Hoy está en el Museo Diocesano y algunas de sus piezas fueron usadas el año pasado en la misa de fundación de la hermandad Universitaria.

A lo largo del siglo XX fueron incorporándose a San Pedro imágenes y enseres procedentes de la Iglesia de la Magdalena, que a finales del XIX había dejado de ser parroquia. Aunque este templo se había cerrado al culto definitivamente en 1956, tuvo intermitencias de aperturas y cierres, que motivaron el trasvase de su patrimonio. Entre las piezas procedentes de la Magdalena estaban en San Pedro -además de los titulares de la Cofradía de la Misericordia- las imágenes de San Acisclo y Santa Victoria que escoltaban la efigie de la santa penitente en el retablo principal, obras de Alonso Gómez de Sandoval; "reconvertidas" en Santa Bárbara y Santa Lucía, las esculturas de los Patronos de Córdoba se exhibían en la sacristía de la parroquia, que ya había sido restaurada a principios de los 70, y a la que se había suprimido la capa de cal que cubría las bóvedas de piedra. En la misma sacristía se exponía el grupo escultórico de los Santos Varones, que había estado en la Magdalena hasta que fue robado en 1972; recuperado en Sevilla, regresó a Córdoba unos meses después y pasó a San Pedro. Todas las piezas citadas forman parte, desde su apertura en 1988, de la colección del Museo Diocesano de Bellas Artes.

La Virgen de los Remedios fue una de las imágenes que llegó a San Pedro desde la Iglesia de Santa María Magdalena; se trata de una pequeña escultura popularmente llamada "de los martes y trece" -como su homónima de la Iglesia de San Lorenzo-, que hasta 1985 había estado en un retablo, asimismo desaparecido; en 1998 la pequeña imagen había pasado a la hornacina que se había puesto en el baptisterio cubriendo el hueco de una ventana que se cegó. También procedían de la Iglesia de la Magdalena tres grandes sillones dieciochescos, de madera dorada en pan de oro con asientos y respaldos de terciopelo rojo, que se usaban como sede en las ceremonias litúrgicas. Ahora están en una sala de las dependencias episcopales de la Calle Amador de los Ríos.