La Virgen eleva la mirada hacia el lado derecho, forzando la posición de la cabeza para clamar al Padre piedad ante su dolor. El maduro semblante es conmovedor, con los ojos vítreos muy abiertos y surcados por profundas ojeras, y los labios dispuestos para emitir un potente lamento.

Las pestañas superiores son de pelo natural, mientras que las inferiores, al igual que las cejas en forma de apóstrofe, han sido cuidadosamente pinceladas. Los párpados han quedado hinchados por el llanto. La nariz es recta y alargada, con el hoyito bajo muy marcado y a cierta distancia del picudo labio superior. La boca tiene la lengua y los dientes superiores perfectamente labrados. El mentón es prominente y se remata con sutil hoyuelo.

Pese a la congoja, y a mostrar la testa muy erguida y estirada hacia detrás, el cuello se encuentra sin anatomizar. Lleva seis lágrimas de cristal, tres en cada mejilla. Las actuales manos de madera se presentan semicerradas, con los dedos flexionados, portando un pañuelo la derecha y un rosario la izquierda. Las carnaciones del simulacro son nacaradas.

Labrada en terracota por el prestigioso escultor e imaginero sevillano Cristóbal Ramos Tello (1772), fue restaurada en 1880 por Manuel Gutiérrez Reyes. En 1922 fue reformada por Antonio Infantes Reina, quien hizo nuevas manos y candelero de madera, colocándola en posición erguida. También fue muy importante la intervención de Sebastián Santos (1962), quien retocó levemente la policromía de las cejas y le hizo unos párpados de madera con la pretensión de serenar su mirada. La última restauración fue efectuada por Francisco Berlanga de Ávila (2001), quien realizó tareas de limpieza, saneamiento y reintegración de lagunas pictóricas.

Salvo algún tiempo en que también procesionó bajo palio, hasta la desafortunada intervención efectuada por Infantes Reina, María Santísima de las Aguas salía arrodillada -así fue concebida por su autor- a los pies del Crucificado de la Expiración y con las manos originales entrelazadas, realizadas también en barro cocido, que aún se conservan y que un sector de la cofradía pretende recuperar de forma definitiva. Actualmente, la imagen mide 178 centímetros de altura.

Titular de la Cofradía del Museo, llamada así por tener su sede en la Capilla del Museo de Bellas Artes de Sevilla -antiguo convento mercedario-, tuvo como precedente procesional una Virgen de los Dolores del célebre artista utrerano Francisco Antonio Gijón, hoy en paradero desconocido.