Absorbido por los grandes encargos que le llevaron a Toledo y aún no plenamente asentado en la ciudad, El Greco no realizaría demasiadas obras entre 1577 y 1580. Sin embargo, deben recordarse de estos años varios lienzos de suma importancia, como el Cristo Crucificado con Dos Orantes del Museo del Louvre (en el que se halla el germen de todos sus Crucificados posteriores), la Magdalena Penitente del Museo de Arte de Worcester o el monumental San Sebastián que nos ocupa, una obra que se conserva en la sacristía de la Catedral de Palencia y que está llena de recuerdos venecianos y romanos fundidos en forma altamente personal.

Este San Sebastián martirizado por las flechas después del suplicio se halla firmado por El Greco y corresponde a su primer periodo español. Mide 194 x 150 cm. Se cree que fue donado a la catedral palentina, consagrada a San Antolín, por don Diego de Castilla, canónigo de la misma antes de recalar en Toledo.

De los cuatro Sebastianes que pintó El Greco (uno, actualmente en el Museo del Prado de Madrid -imagen inferior-, horriblemente mutilado por dos herederas intransigentes, había sido destinado por el artista a su capilla funeraria) el palentino es el más grandioso de todos, no solo por su formato, sino también por la fuerza de la composición. Como en otros poquísimos hitos de la iconografía del mártir, aquí se lo ve pensativo. Más allá del dolor y más allá del goce (más allá del éxtasis) se entrega a la meditación.

Una observación atenta del torso de San Sebastián nos revela que es una fiel reproducción de la famosa escultura helenística del Laocoonte, inagotable fuente de inspiración para El Greco y para muchos otros pintores del Renacimiento. Sin embargo, en la parte inferior del desnudo parece haberse inspirado no en dicha escultura, sino en una fuente gráfica: el grabado de Marco Dante de Ravenna según la miniatura Laocoonte del Vergillus Vaticanus (Biblioteca Apostólica Vaticana). Podemos decir por tanto que el santo es una composición hecha entre la parte superior de la figura esculpida y la parte inferior de la grabada, ambas invertidas.

Lo mismo que en el caso del Cristo de La Trinidad, aquí también sirvió la combinación de lo escultórico con lo gráfico para producir una nueva imagen. En ello coincide con el San Sebastián de Tintoretto, por lo que no debe descartarse que el cretense aprendiera esta forma de proceder en el taller del maestro veneciano. Suida Manning opina que El Greco tuvo que estar familiarizado con el cuadro de Tintoretto y debió de haberlo visto antes de venir a España al menos como boceto preliminar. No se conoce, sin embargo, ningún caso concreto donde El Greco copia de manera directa una imagen creada por otro artista excepto motivos secundarios. Y el desnudo del lienzo palentino es una imagen importante, concebida y pintada con gran esmero y orgullo. No obstante, la mano y el brazo izquierdo del mártir que se extiende horizontalmente de manera lánguida en la obra de El Greco es el motivo formal procedente del Castigo de Amán de la bóveda de la Capilla Sixtina.

La influencia de El Greco sobre Rubens se hace visible en la sinuosidad morfológica del cuerpo del santo, que define la corriente diagonal de la figura inerte del Cristo de la gran tabla del Descendimiento pintada por el artista flamenco -su parte central está inspirada también en el Laocoonte-, aunque en este caso es descendente, partiendo de la mano izquierda y llegando al pie derecho oculto detrás de la cabeza de la Magdalena.