Para el colegio franciscano de San Bernardino en Toledo, El Greco realizó, en el año 1603, un retablo que representa a su patrón. Esta obra pertenece a la última etapa de su actividad artística (1600-1614). Desmembrado cuando se suprimió el convento (1845) se recompuso en la Casa y Museo El Greco de Toledo en 1962.

Conviene señalar que, en opinión de Marías y Bustamante, El Greco no realizó ni proyectó obra arquitectónica alguna, si entendemos este adjetivo en sentido estricto. Su obra retablística pertenece, con todo su interés intrínseco, a otro género y no puede ser considerada, con rigor, expresión de su concepto de la arquitectura. Sin embargo, por otra parte, queda fuera de toda duda que El Greco se interesó vivamente por esta disciplina, que meditó sobre ella y realizó un importante trabajo en este campo, tanto escribiendo como dibujando.

Volviendo al retablo toledano, comentar que su titular, Bernardino de los Albizzeschi, era el mejor predicador y orador en romance del siglo XV. Su humildad y espíritu franciscano le impidieron aceptar en tres ocasiones la elección a obispo para la que había sido propuesto por las cátedras episcopales de Siena, Ferrara y Urbino.

En la representación de El Greco (269 x 144 cm), en la que prevalecen las tonalidades verdes y marrones, el artista se explaya en una descripción realista en la representación de tres elegantes y retiradas mitras dejadas del lado a sus pies como símbolo del rechazo por parte del santo de las nominaciones episcopales. El pie descalzo que asoma bajo el hábito evoca el ideal de pobreza que contrasta con las tres mitras doradas.

En coherencia con las proporciones predilectas de los manieristas, El Greco en este óleo sobre lienzo pinta una cabeza pequeña sobre un cuerpo alargado. Tal proporción parece todavía más evidente gracias a la ejecución del hábito con unas mangas grandes y amplias, que parece hinchado de aire debajo de la cintura ceñida por el cíngulo, y que oculta el cuerpo delgado de San Bernardino. La cabeza, ligeramente inclinada hacia un lado, parece asomar de la capucha y recortarse contra el cielo.

En el fondo el horizonte está muy rebajado, con el fin de acentuar el alargamiento de la figura del santo en primer plano. La composición tiene sus precedentes en dos obras para la capilla toledana de San José: el gran lienzo que todavía la preside y el San Martín y el Mendigo (imagen inferior, National Gallery de Washington) o San Martín de Tours cortando con la espada su elegante manto para darlo al pobre. Las opciones formales llevadas a cabo en San Bernardino colocan la obra dentro de un trayecto de ininterrumpida evolución estilística en las pinturas de El Greco, dirigido a alargar cada vez más sus figuras. Aunque en la lejanía, el paisaje está realizado de forma que pueda ser reconocible como una pequeña vista de la ciudad de Toledo.

El atributo iconográfico del santo, reconocible por el hábito de la orden franciscana a la que pertenecía, es el nombre de Jesús que llevaba siempre consigo, dibujado en una pequeña tabla cuando iba a predicar. Por el uso de este símbolo, fue acusado de herejía por el papa Martino V; juzgado en Roma, San Bernardino fue absuelto y posteriormente fue conocido como fundador del culto al nombre de Jesús.