Hasta hace poco tiempo, en general, no se tenía en cuenta el papel desempeñado por el taller en la producción de los numerosos cuadros atribuidos a El Greco. El artista se familiarizó en Italia con las tradiciones de los grandes talleres, ya que él mismo fue en su juventud aprendiz de Tiziano. De hecho, las numerosas copias de obras como El Expolio, las réplicas extraordinariamente numerosas de varias composiciones sobre Santa María Magdalena, San Francisco de Asís, etcétera, se siguen aceptando en ciertos sectores, incluso por las instituciones que las custodian, sin el menor juicio crítico como obras de la mano del propio maestro.

Poseemos muy poca información respecto a los ayudantes de El Greco. Sabemos por Mancini que el artista tuvo un ayudante en Roma llamado Lattanzio Bonastri. Pero de este pintor de segundo orden solo se conservan unas pocas obras que demuestran muy escasa relación con El Greco.

El primer ayudante de El Greco que aparece en los documentos españoles es Francisco Preboste, que nació en Italia en 1554 según sus propias declaraciones. San Román supuso que acompañó a El Greco a España. En 1585, y con frecuencia posteriormente, Preboste actuó como testigo de documentos, en los que a veces se le llama criado de El Greco. Sin embargo, en el contrato para el retablo de Guadalupe (1597) Preboste y el hijo de El Greco, Jorge Manuel, se comprometían a terminar la obra en caso de fallecimiento del maestro antes de que estuviera acabada. Halldor Soehner y otros autores han supuesto con cierta probabilidad que el italiano fue el autor de las réplicas de taller en las dos últimas décadas del siglo XVI. En realidad no existe ningún cuadro firmado ni documentado de Preboste. Su desaparición después de 1607 hace pensar que abandonó Toledo. Recientes investigaciones publicadas en los últimos años por Mariano Serrano Pintado, Antonio Illán y Óscar González Palencia en el diario ABC sugieren una relación sentimental entre Preboste y El Greco.

Jorge Manuel Theotocópuli, el hijo de El Greco, es una personalidad bastante más concreta. No es posible determinar su estilo antes de 1607, cuando recibió el encargo independiente para los cuadros del retablo de Titulcia; totalmente dependiente del estilo tardío de El Greco, las figuras son flojas, carentes de formas y desprovistas de profundidad emotiva. Halldor Soehner considera que prolongó la existencia del taller después de la muerte de su padre, pues no solo siguió ocupando las amplias estancias del palacio de Villena sino que alquiló otras habitaciones adicionales en 1617. Si se compara el gran número de cuadros recogido en el Inventario II de 1621 con los del Inventario I, hecho después de la muerte de El Greco en 1614, no cabe duda que durante estos años hubo una gran actividad por parte de Jorge Manuel y del taller. Sin embargo, muchas de las atribuciones que se le hacen son extremadamente condicionales y circunstanciales. Sabemos que ayudó a su padre en Illescas. Además, debió de pintar la casi totalidad de muchas obras posteriores. Con bastante probabilidad pintó la réplica del Martirio de San Mauricio para el panteón familiar de San Torcuato. La Natividad de la colección Bührle es sin duda una creación suya. Guillermo Santacruz ha llegado a atribuirle en solitario y por completo la Vista y Plano de Toledo, famosa pieza de la última etapa de El Greco.

Se sabe que Luis Tristán fue discípulo y ayudante de El Greco durante los años 1603-1607. Su retablo mayor de Santa Clara, sus composiciones de Cristo con la Cruz a Cuestas en el Museo de Santa Cruz, en Santo Tomé, y en el Museo del Greco, todas en Toledo, revelan la innegable influencia del gran maestro. Pero Tristán desarrolló posteriormente su propio estilo personal hasta tal punto que es sumamente difícil determinar qué réplicas de los cuadros de El Greco son obra de su mano. Es el único discípulo de El Greco que hubo de distinguirse como pintor. Su aprendizaje con el cretense solo se advierte en la incorporación y adaptación de algunos de sus esquemas formales a la interpretación de ciertos temas, inclusive en sus últimos años. Tras su aprendizaje en el estudio de El Greco pasó un tiempo en Italia, probablemente entre 1607 y 1613. Después de esa fecha, su permanencia en Toledo es continua hasta su muerte en 1624.

Por último, mencionar a Antonio Pizarro, pintor toledano de segundo orden, cuyo manierismo al estilo de El Greco en dos obras toledanas es lo suficientemente marcado como para justificar la afirmación de Ceán Bermúdez de que fue discípulo del maestro; a Pedro Orrente, amigo íntimo de Jorge Manuel y admirador del estilo veneciano de la primera época de El Greco, y a otros imitadores del estilo de El Greco que no estaban necesariamente relacionados con su taller, caso de Bartolomé de Cárdenas, Mateo Cerezo o Blas Muñoz.