Aunque el lienzo superior, fechado a finales de la década de 1550, aparecía con el título de "Nacimiento de San Juan Bautista" en las fuentes del siglo XVI, autores recientes han vacilado entre la identificación tradicional y el tema alternativo del "Nacimiento de la Virgen". Ambos asuntos religiosos fueron representados a menudo en el periodo del Renacimiento, y cada uno seguía un formato iconográfico casi idéntico.

La escena se desarrolla en un dormitorio, donde la madre descansa mientras las parteras atienden al recién nacido, que como hemos dicho podría ser la Virgen María o San Juan Bautista. La obra, pintada al óleo sobre lienzo, se conserva en la capilla de San Atanasio del convento veneciano de San Zacarías, que podría haber encargado a Tintoretto esta obra dedicada a un episodio de la vida del santo, padre de Juan el Bautista. Sin embargo, hay motivos para identificar la pintura como el nacimiento de la Virgen.

El propio Tintoretto ofrece algunas pistas sobre el tema en su pintura. Una misteriosa evidencia surgió durante la última restauración en 2002: un gato parcialmente pintado, a la derecha del trío de parteras, mirando las aves negras posadas en la palangana de cobre. El gato, considerado entonces una presencia diabólica, se representa a menudo como contraste con la figura de María, plena de pureza y bondad. A mitad de la representación del felino, Tintoretto cambió de opinión y lo dejó al margen de la pintura.

Quizás la más feliz, a la par que auténtica, interpretación del tema del Bautista por parte de Tintoretto fue la versión del "Bautismo de Cristo" para la iglesia veneciana de San Silvestre (hacia 1589). Gracias a la exitosa restauración de 2004, esta pintura, que antes se pasaba por alto, ahora se reconoce como una obra maestra del período tardío de Tintoretto y como una de las creaciones más poéticas de toda su obra.

Tintoretto pintó en el Bautismo un sugerente paisaje que recuerda el de la laguna veneciana, pero convirtió a las figuras en el foco de la composición. El conjunto que forman Cristo y San Juan es una sorprendente alternativa a la mayoría de las representaciones del Bautismo, donde los dos hombres suelen estar de lado a lado. En este caso, al elevar a San Juan, Tintoretto humilla apropiadamente a Cristo, lo que hace que el gesto del Bautista de verter agua sobre la cabeza de Cristo parezca elegante y natural.

Por otro lado, Tintoretto hace un uso brillante de los contrastes en la iluminación del Bautismo al iluminar el cuerpo de Cristo, mientras que San Juan permanece mayormente en la sombra.

En este trabajo para San Silvestre, el siempre competitivo Tintoretto emuló a sus mayores rivales en la pintura veneciana: los brazos de Jesús y Juan recrean los gestos elocuentes del Veronés, mientras que el estado de ánimo, silencioso y reverencial, y las pinceladas a modo de caricia se asemejan a la obra tardía de Tiziano. Sin embargo, la combinación de los musculosos protagonistas y la modesta piedad es propia de Tintoretto.