El colegio andresiano de los padres escolapios, situado en el barrio de Velluters o de la seda, constituyó una de las más ambiciosas empresas arquitectónicas del siglo XVIII en la ciudad de Valencia. De nuevo bajo el impulso del arzobispo Andrés Mayoral de Mella, se culminaría la construcción del complejo calasancio con la erección de un monumental templo neoclásico cuyas trazas se deben a los académicos José Puchol y Antonio Gilabert y cuya construcción se desarrollaría entre 1767 y 1772. Su situación en el barrio de Velluters favoreció el mecenazgo de destacadas personalidades del gremio sedero, como el industrial Joaquín Manuel Fos, cuya familia sufragó gran parte de las obras del interior y en cuyo honor se pondría el templo bajo la advocación de San Joaquín.

Al igual que ocurriese en la casa de enseñanza de Santa Rosa de Lima, la otra gran empresa educativa impulsada por Mayoral, la ornamentación pictórica y escultórica del edificio correría a cargo de los hermanos Vergara, entre otros destacados miembros de la Real Academia de San Carlos. Es precisamente en las actas de esta la institución de 1781 de donde se obtiene la confirmación de la autoría de Ignacio Vergara sobre los relieves y esculturas de la Iglesia escolapia. Marco Antonio de Orellana al transcribir tales informes excluye la paternidad de las estatuas de San Andrés y San José de Calasanz del segundo cuerpo de la fachada, atribuyendo a Ignacio las esculturas en estuco del remate del altar mayor y las de Santa Ana, San Joaquín (imágenes superiores) y San José (imagen inferior), situadas en el cuerpo inferior de la fachada.

Por su parte, Ana María Buchón admite la puntualización de Orellana al respecto de la hechura del conjunto, apuntando el posible papel que desempeñase el escultor en la supervisión de la ornamentación escultórica del templo y en las restantes figuras de la fachada; esta circunstancia quedaría confirmada al documentarse la participación de algunos de sus discípulos en las obras del interior, entre los que cabe señalar a Pedro Juan Guissart y José Esteve Bonet. Al último correspondería la ejecución del grupo de San Joaquín con la Virgen Niña que presidió el altar mayor, encargo que obtuvo por mediación del propio Ignacio Vergara, tal y como afirma Esteve al anotar el trabajo en su Libro de la Verdad (1773); esta última fecha delimitaría el arco cronológico propuesto por Buchón para el conjunto de esculturas, cuya hechura sitúa a partir de 1767.

Al respecto de las esculturas del exterior, hizo notar Igual Úbeda la actitud más contenida y equilibrada en el desarrollo formal del conjunto, acaso influida por el planteamiento depuradamente clasicista del propio imafronte. Pese a esta derivación plástica más equilibrada o medida, es posible apreciar determinadas reiteraciones compositivas constantes en la producción del escultor, tales como el dinámico plegado en diagonal del manto de San Joaquín, escultura que presenta a su vez un notable parecido con el que de su mano se conserva en la iglesia valenciana de San Esteban.

Menor agitación muestra el plegado de las vestimentas de San José y Santa Ana, figuras que establecen una íntima relación con el Niño Jesús y la Virgen Niña que, respectivamente, portan en sus brazos. La iconografía del santo patriarca con el niño dormido en brazos gozó de una amplia difusión en la el arte valenciano del Setecientos, prueba de ello son las numerosas versiones que del tema realizase el propio Vergara o su discípulo Esteve Bonet, cuyo principal precedente habría que buscar en el San José que labrase Leonardo Julio Capuz para la Fachada de la Iglesia del antiguo Convento del Carmen de Valencia.

En el interior, la ornamentación escultórica del altar mayor se compone de dos parejas de esculturas representando a los cuatro evangelistas (imagen superior), colocadas sobre las columnas pareadas que escoltan el ábside del presbiterio. Los evangelistas revelan una vez más la predilección de Vergara por los modelos del barroco tardío romano, acusando deuda formal con el apostolado de Camilo Rusconi en la Basílica Laterana, cuya efigie de san Mateo es reproducida aquí casi literalmente. Cabría mencionar al respecto de este parentesco la colección de once grabados de las esculturas de San Juan de Letrán que, junto a varios bocetos de Vergara, fueron adquiridos en 1951 para el museo de la ciudad, procedentes de la Colección Martí Esteve.

La parte central del altar mayor queda presidida por el relieve con la Visión de la Virgen con el Niño en presencia de la Santa Familia (imagen inferior). La escena queda enmarcada por dos columnas, centrándose en la figura sedente de María sustentando al niño Jesús sobre la rodilla derecha, encima del infante aparecen la figuración del Espíritu Santo y el Padre Eterno, en alusión a la trinidad; a los lados se sitúan las figuras de San José, San Joaquín y Santa Ana, en actitud de adoración, quedando el conjunto guarnecido por un haz de rayos que desciende de la figura de Dios Padre. Un grupo de cabecillas aladas sobre la columna izquierda y un querubín recogiendo el cortinaje del fondo sobre la derecha completan la composición.

Bajo la escena central y sobre la embocadura del ábside, una pareja de ángeles adoradores que retoma el modelo angélico ampliamente desarrollado por el escultor en composiciones tales como el relieve de la fachada catedralicia o el retablo de Santa Rosa de Lima. Esta reiteración de tipos ya consolidados por el escultor es igualmente patente en la figura de la Virgen que centra el relieve, reproduciendo con ligeras variantes el modelo que emplease en la figura que presidió la portada del Palacio del Marqués de Dos Aguas.