Cuenta la tradición cordobesa que, en el año 1420, un vecino del barrio de San Lorenzo, llamado Gonzalo García, desesperado por tener a su mujer tullida y una hija demente, salió de su casa y se fue en busca de la soledad del campo, donde se encontró con dos hermosas doncellas precedidas de un mancebo. Eran los santos mártires Victoria y Acisclo acompañando a la Virgen, que dijo a Gonzalo fuera a tomar agua de una fuente que manaba junto a una higuera, y llevara de beber a su esposa e hija, quienes tras tomar el agua curaron instantáneamente.

Enterado del suceso, un ermitaño enfermo fue también a beber y sanó milagrosamente. Un 8 de septiembre, mientras oraba, una voz le comunicó que en la raíz del árbol había una imagen de la Virgen, escondida cuando la ciudad fue conquistada por los árabes. Para conmemorar estos hechos, se levantó en el siglo XV un humilladero con los arcos ojivales propios de la época, llamado popularmente El Pocito por recoger el agua de la fuente.

También en el siglo XV se construyó el primitivo templo de líneas góticas, muy reformado en el XVII para adaptarlo a la estética barroca. En 1976 experimentó una restauración, junto con el humilladero, que le ha devuelto, en la medida de lo posible, su estado gótico inicial. El brocal del pozo data de 1897 y es obra de Mateo Inurria, quien reprodujo el primitivo gótico al encontrarse éste completamente destrozado.

La primera descripción que encontramos de la imagen de Nuestra Señora de la Fuensanta se debe a Pablo de Céspedes, quien habla de ella como una imagen de alabastro, de media vara de alto, con el Niño en brazos. Su mal estado de conservación al ser encontrada hizo que fuese sustituida por otra modelada en barro cocido, que con toda seguridad parece corresponderse con la imagen actual, atribuida con acertado criterio por historiadores como Gómez Moreno o Aroca Lara al escultor Lorenzo Mercadante de Bretaña o a su círculo (siglo XV).

La fachada del templo corresponde a la remodelación del siglo XVII. El interior presenta tres naves separadas por arcos apuntados. La capilla mayor data de 1521, y el camarín donde se alberga la imagen de la Virgen, al que se accede por una escalera de mármol rojo con cubiertas decoradas con yeserías, es también del XVII. Durante la restauración de 1976 se encontró, muy deteriorada y enterrada en el atrio, una imagen pétrea de la Virgen con el Niño que pudiera ser la copia de la venerada en el templo que se conservaba en el humilladero. Dicha imagen está ahora en el Hogar Parroquial. Hoy en día recibe culto en el humilladero un retablo cerámico de la Señora.