Su cofradía fue aprobada el 3 de abril de 1664 en el desaparecido convento de San Onofre, que estuvo situado en la actual calle Menacho. Parece ser que en el año 1660, se encontraba en Badajoz el duque de San Germán, Capitán General, éste acordó el día 15 de agosto hacer un cabildo en su palacio convocando a todos los caballeros, así militares como políticos que se hallaban en aquel tiempo en la ciudad.

Entre otras cosas que se acordaron, fue que se mandase a la ciudad de Barcelona a por una imagen de bulto con la advocación de Nuestra Señora de la Soledad para traerla a Badajoz. Al no hallarse en Barcelona el hasta ahora desconocido escultor que la haría, fue preciso encargarla a la ciudad de Nápoles, que era donde se encontraba el maestro. Allí se hizo la imagen y una vez acabada, se mandó a Barcelona y desde allí a la ciudad de Badajoz, al llegar se acordó que se depositase en el convento de religiosas jerónimas de San Onofre.

Se acordó hacerle una ermita en el llamado "Campo de San Francisco", pero al estar muy distante del palacio del duque de San Germán, mandó comprar a su costa unas casas inmediatas al palacio, se hizo la ermita y la bendijo el obispo fray Gerónimo de Valderas y se colocó la imagen en su ermita el primero de abril de 1664. El duque acordó también hacer una congregación o cofradía de hermanos con el título de la imagen para que éstos pudiesen pedir limosna para la Señora y se mantuviese en su ermita con la debida decencia.

La Virgen de la Soledad de Badajoz es la única patrona de las capitales de España que procesiona en Semana Santa, lo hace el Jueves Santo desde su ermita situada en la llamada antiguamente plaza de don Pedro de Fonseca, hoy de la Soledad, junto al Cristo de la Paciencia, vulgo Amarrao. Ya existía esta talla en 1676, obra que personalmente ya atribuí al escultor sevillano Pedro Roldán o a su taller. Desde época más moderna le acompaña en esta procesión el Cristo de la Humildad (Ecce Homo), que personalmente atribuyo al escultor pacense Miguel Sánchez Taramas. El Ecce Homo probablemente procede de la extinguida Cofradía del Cristo del Rosario o Coronado de Espinas, fundada en el convento de Santo Domingo a finales del siglo XVII. El Viernes Santo por la noche procesiona de nuevo pero en solitario, vestida de riguroso luto, sin palio y sin diadema, acompañada de miles de personas que van alumbrándola y rezando el rosario.

Ha sido restaurada recientemente por el sevillano Enrique Gutiérrez Carrasquilla, devolviéndole su primitiva belleza tras una desafortunada restauración anterior. Se espera que en 2013 sea coronada canónicamente. Ya en 1950 se tienen datos de una comisión pro-coronación y de una comisión pro-suscripción para la Corona de Reina con que tendría de que coronarse y a la que se podría concurrir tanto con aportaciones en metálico como en piedras preciosas y metales adecuados. Se desconoce el motivo por el que fue paralizado el proceso.