Hacia 1576 El Greco se trasladó a España, estuvo en Madrid y se estableció finalmente en la ciudad de Toledo, donde en el año 1577 recibió el encargo de tres retablos para el Convento de Santo Domingo el Antiguo. Cuidó de trazarlos con un nuevo esquema y en ellos se incluyeron ocho cuadros. Poco después pintó El Expolio para la sacristía de la catedral toledana, con plena independencia iconográfica, y en el año 1579 fracasó en su intento de penetrar en los ámbitos cortesanos, pues El Martirio de San Mauricio y la Legión Tebana no satisfizo al rey Felipe II, con lo cual El Greco retornó a Toledo para residir allí definitivamente.

La fecha y las circunstancias en que se produjo el encargo de El Martirio de San Mauricio para El Escorial son desconocidas, aunque quizás estuvieran relacionadas, como aventuró Pita, con la visita de Felipe II a Toledo para pasar las fiestas del Corpus de 1579. Es posible que El Greco, sabedor de la necesidad de pintores que tenía el monarca tras la muerte de Navarrete el Mudo, aprovechara la ocasión y buscase la manera de acercarse a él para ofrecerle sus servicios. Pero sea como fuere (pues todas las hipótesis, incluyendo que la iniciativa partiese del rey, son plausibles) lo cierto es que entre mediados de 1579 y comienzos del año siguiente el pintor alcanzó la oportunidad que había estado anhelando desde que llegara a España.

Sin duda El Martirio de San Mauricio, tal vez la obra más meditada de cuantas realizara El Greco durante sus primeros años en Toledo, se planteó como una demostración: el autor quería que Felipe II, siempre a la búsqueda de artistas italianos, comprendiera que él era capaz de superar a cualquiera de ellos. Y por eso se planteó hacer una obra sofisticada, ingeniosa, intelectual y, sobre todo, profundamente romanista.

Desgraciadamente para El Greco, el cuadro más importante de la colección escurialense no sería del agrado de Felipe II, que, tras pagárselo, decidió que no se colgara en uno de los altares laterales de la iglesia de El Escorial, tal y como estaba previsto. Y es que, calculando equivocadamente los deseos del monarca, El Greco hizo un cuadro para ver y meditar, una obra exquisita para un buen catador de pintura. Pero Felipe II, un hombre entendido y nada pudibundo en cuestiones artísticas, era también un profundo creyente de mentalidad típicamente contrarreformista y quería (puesto que el cuadro era para la iglesia y no para las salas del palacio) una obra clara y accesible, capaz de llegar rápidamente al corazón de todos.

La colocación actual del cuadro, en un gran salón abovedado dentro de las galerías que rodean el patio principal del palacio, permite apreciar todas sus excepcionales calidades: "es ahora cuando se le puede contemplar con la suficiente perspectiva y con la luz precisa para saborear la acumulación de maravillas que integran la obra genial" (Lozoya). Se halla cerca de otra gran pieza de El Greco, también de audaz composición y espléndida policromía: la Adoración del Nombre de Jesús (imagen inferior), en la que aparece Felipe II arrodillado entre otras muchas gentes con la Gloria y el Infierno, aludiendo a la Epístola de San Pedro a los Felipenses: "En el nombre de Jesús, toda rodilla se dobla en los cielos, en la tierra y en los infiernos".

En El Martirio de San Mauricio se representan varios momentos del tormento decretado por Maximiano, que mandó ejecutar a todos los componentes de la legión tebana (desde su tribuno, San Mauricio, hasta el último de sus soldados, todos ellos cristianos) por haberse negado a participar en los sacrificios a los deidades paganas ordenados por el emperador romano, al que dicha legión acompañó a las Galias para combatir a los bagaudas sublevados. Maximiano hizo que por dos veces fuese diezmada la legión, pero al no renunciar ninguno de sus miembros a su fe cristiana, ordenó su ejecución total en el año 286.

El Greco relegó los instantes culminantes de la historia (el martirio) a un segundo plano, dando el protagonismo al momento en que San Mauricio convence a sus compañeros para que pemanezcan fieles a su fe en Cristo. La atención, por tanto, queda acaparada al grupo donde San Mauricio, de frente y apuntando a un cielo cuajado de ángeles, conversa con sus subordinados, quienes asienten a sus palabras y expresan la aceptación del martirio. San Mauricio y sus compañeros aparecen como un trasunto del rey Felipe II y sus generales como campeones de fe, trazando el plan de batalla frente a la herejía luterana.

Otro elemento que llama poderosamente la atención son los tres personajes de aspecto decididamente moderno tras el grupo principal, entre San Mauricio y San Exuperio y arropados en cierto modo por el estandarte. Sobremontados por otro con casco y varias picas, hacen pensar en El Expolio a la vez que constituyen un virtual anticipo de El Entierro del Conde de Orgaz. La introducción de personajes vestidos a la moderna, con claro aire de retratos y mirando fijamente al espectador, era un recurso habitual de la pintura italiana. El Greco lo hizo suyo con dos finalidades: relacionar la historia representada con hechos modernos (la mencionada lucha de Felipe II contra la reforma protestante emprendida por Lutero) e invitar al espectador de la época a penetrar en la escena, a gozar de su contemplación espiritual, extrayendo su significado profundo.