La llegada de El Greco a Toledo en el año 1577 parece motivada por la necesidad de terminar alguna comisión y nada, por el momento, hace pensar en un traslado definitivo. El primer encargo es muy importante y proyecta al pintor hacia un mundo muy diverso de aquel en el que había trabajado en Creta y en Italia, gracias a la tradición española que le ofrece la posibilidad de dedicarse a obras complejas, donde poder desarrollar plenamente sus capacidades de pintor, de escultor y de arquitecto.

A Toledo llega para pintar seis telas para el retablo mayor de Santo Domingo el Antiguo, del que ya estaba preparando el marco; además, se le solicitan otros dos cuadros para los altares laterales, de las dimensiones establecidas en el proyecto de Juan de Herrera, representando los temas que le vendrían señalados luego. No obstante, después de haber seguido primeramente las indicaciones unidas al proyecto original, El Greco decide cambiar las proporciones de las telas, lo que le confiere un fuerte sentido ascendente, ocupándose finalmente de realizar los modelos de las figuras en madera para la decoración del altar mayor.

El retablo mayor fue desmembrado en el siglo XIX. Las únicas obras del mismo que permanecen en la iglesia son las que representan a los dos imponentes San Juan Bautista y San Juan Evangelista, ambos pintados de frente, colocados en los laterales bajo los patrones de la orden de los dominicos -San Benedicto (imagen inferior), actualmente en el Museo del Prado, y San Bernardo, que continúa en paradero desconocido- y realizados, como el resto de las telas, entre los años 1577-1579. La pintura central del retablo es la Asunción, ahora en el Instituto de Arte de Chicago, la cual denota la seguridad de El Greco en el dibujo y en la composición, con referencias al arte veneciano y en particular a la Asunción de los Frari, obra de Tiziano.

El lienzo La Trinidad (imagen superior, hacia 1578) completaba la parte superior del retablo mayor. Después de su desmembración, se conserva en el Museo Nacional del Prado de Madrid. La iconografía se basa en una xilografía de Durero, en la que la Trinidad es como un trono de misericordia: Dios Padre acoge en su seno el cuerpo de Cristo, rodeado de ángeles con los instrumentos de la Pasión. El Greco se inspira también en las esculturas de Miguel Ángel, que observó y estudió mucho en Roma, para la formulación de la representación de la anatomía de la figura de Cristo: de la Piedad del Vaticano toma la representación anatómica antinatural del hombro izquierdo, y de la estatua de Lorenzo de Médici toma la posición del brazo derecho.

Conmovedor en La Trinidad es el rostro de Dios Padre que contempla con dolor a su Hijo muerto. Lleva una tiara, cubrecabeza de los sumos sacerdotes del Antiguo Testamento, subrayando la continuidad entre ambos. Sobre Dios, casi recortada en el cielo luminoso, está la paloma del Espíritu Santo. Entre los ángeles, que forman un círculo en torno a la Trinidad, no falta una delicada figura de influencia manierista, situada de espaldas, que, perdiendo el apoyo inseguro sobre la nube, acentúa la sensación de movimiento y elegante expresividad, en contraste con la seria expresión del padre y el abandono del hijo.

Por último, para los altares laterales del templo, El Greco realizó la Resurrección y la Adoración de los Pastores. La primera es una de las pocas obras que permanece en su lugar, después de ser vendida gran parte de las telas en el XIX. Las posturas de algunos personajes, como el hombre de espaldas o el soldado en el suelo, los efectos luminosos y la gama cromática son testigos de los contactos con el manierismo italiano. Respecto a la segunda, ahora en la Fundación Botín, la estructura del altar lateral que la acogía, como la Resurrección, había sido concebida en una forma sencilla, de estilo clásico, con columnas que sustentan un arco de medio punto.