El elegante clasicismo espiritualizado del que hace gala Juan Martínez Montañés encuentra el camino de la expresión naturalista, aun escogiendo siempre sus rasgos más bellos, en el formidable Crucificado de la Clemencia de la catedral sevillana, que dialoga abiertamente con el fiel arrodillado a sus plantas, tal como lo ajustara el 5 de abril del año 1603 con su comitente, el arcediano de Carmona Mateo Vázquez de Leca.

Al contratar el Cristo de la Clemencia para el oratorio privado del arcediano, Martínez Montañés aseguraba que habría de ser "mucho mejor que uno que los días pasados hice para las Provincias del Perú", haciendo referencia al Cristo crucificado del Auxilio de la iglesia de la Merced de Lima. Este último, aun habiéndose representado ya difunto, debe considerarse, desde un punto de vista morfológico e iconográfico, como un antecedente inmediato del Cristo sevillano, pues ambos comparten un canon apolíneo similar, una anatomía relajada y la colocación cruzada de los pies, pero situando en este caso el izquierdo sobre el derecho.

Con el Cristo de la Clemencia, Montañés iniciaría, según Hernández Díaz, la "etapa magistral" de su carrera, formada por obras clave en las que realiza una talla más variada que en su "etapa formativa", con figuras y pliegues más naturales y actitudes serenas. A ella pertenecen otras esculturas fundamentales como las llevadas a cabo para el monasterio de San Isidoro del Campo y para el templo parroquial de El Pedroso (Sevilla).

Montañés se nos presenta como continuador del tipo creado por su maestro Pablo de Rojas, a la vez que como iniciador de las representaciones sevillanas posteriores, que por su número e importancia logran primacía entre todas. Hay en la inclinación de la cabeza, en la talla del pelo, con un bucle colgando al lado derecho, y en el modo de disponer el sudario, recuerdos evidentes de los Cristos de Rojas.

No obstante, este alabado crucificado de Montañés, pese a recuerdos más o menos conscientes de obras anteriores, es sobre todo la obra de un genio en trance de inspiración, hecha en este caso íntegramente de su mano: cabeza muy hermosa, rostro a un tiempo dulce y severo, cuerpo modelado con perfección magistral, aunque enteramente naturalista, y cordífero sudario a modo de lienzo que se anuda en las caderas y se pliega en el hundido vientre del varón, acusando su concepción barroca.

Para la colocación de sus pies, cruzados y atravesados por sendos clavos, Martínez Montañés se apoyó en las Revelaciones de Santa Brígida de Suecia y en la sugestión formal que debió producirle el pequeño modelo, entonces considerado de Miguel Ángel -pero que en realidad era obra de su discípulo el arquitecto y escultor Giacomo del Duca-, que había sido traído desde Roma a Sevilla en 1597 por el platero Juan Bautista Franconio, vaciado en bronce y después multiplicado en cruces de orfebrería, con el que comparte su estilizada verticalidad, aunque Montañés cambió la disposición de sus piernas, colocando la derecha sobre la izquierda.

La exquisita encarnación mate aplicada por Francisco Pacheco, que huye de todo exceso sanguinolento, se alía con los valores del propio modelado para dar a este crucificado ese aspecto tan conmovedoramente humano, sin dejar de representar al Hijo de Dios. Montañés materializa el difícil equilibrio entre las apariencias visibles y la sugestión de lo sobrenatural y trascendente, revelando profundos contenidos espirituales contrarreformistas.