El mismo año de 1667 en que el Cabildo de la Catedral de Sevilla encargó a Bartolomé Esteban Murillo la decoración de la Sala Capitular, le encomendó también la representación del Bautismo de Cristo para ser colocada en el remate del retablo de San Antonio de Padua, para así subrayar la condición de Capilla Bautismal que tenía este recinto. De esta manera, aunque con un margen de separación de once años, el mismo retablo quedaba adornado con dos excepcionales obras de Murillo.

Esta pintura muestra uno de los más altos niveles de calidad técnica que Murillo alcanzó a lo largo de su producción. Murillo acertó a captar en esta obra un profundo sentimiento espiritual manifestado a través de las actitudes de los dos personajes que la protagonizan, traduciendo una intensa emotividad el semblante de San Juan Bautista y una recogida humildad en el de Jesús. Esta dualidad sentimental se encuentra perfectamente subrayada por el armonioso ritmo compositivo que vincula a los dos personajes, así como por el intenso hálito de placidez natural que emana del paisaje que respalda a las dos figuras.

La ejecución de esta pintura, que debió de llevarse a cabo en 1668, al año siguiente de su encargo, muestra cómo Murillo había asimilado perfectamente las directrices del arte europeo de su época, especialmente las de la pintura flamenca, a través de las numerosas pinturas que pasaban por el comercio de Sevilla, y también merced a las impresiones obtenidas durante su estancia en Madrid, diez años antes, momento en que hubo de conocer la colección real, rica en pinturas de esta escuela, especialmente en ejemplares de Rubens y Van Dyck.

Otra famosa versión sobre el tema pertenece a uno de los primeros conjuntos pictóricos de Murillo en los que puede apreciarse ya definido el espíritu barroco y ha sido fechado por Martín Soria en torno a 1655. Se trata de una serie de grandes lienzos para el convento sevillano de San Leandro, formada por cuatro de la vida del Bautista y otro que representa a San Agustín lavando los pies a Cristo. Todos ellos fueron vendidos por las monjas agustinas en 1812, con motivo de la ocupación francesa. El del Bautismo pasó por distintas manos hasta que en 1963 lo compró la Gemäldegalerie de Berlín en el comercio londinense.