San Sebastián es representado por Perugino durante el martirio mediante flechas por parte de sus compañeros soldados del ejército del emperador romano Diocleciano. El santo, que sobrevivió milagrosamente al tormento, se convirtió en protector contra las epidemias, que en la antigüedad se creía que eran transmitidas por flechas infectadas. La primera vez que el artista trató el tema fue en un fresco para el templo de la Asunción del pueblo de Cerqueto, cerca de Perugia, donde Sebastián se halla entre los santos Pedro y Roque, este último también invocado frente a las epidemias.

La ciudad de Panicale, también cercana a Perugia, había sido asediada por el duque de Valentino en 1503. Al año siguiente se desató la peste. Dos años después Perugino realizó para el templo dedicado también al santo, un gran fresco sobre su martirio (imagen superior), desarrollado en una especie de plaza porticada con numerosos elementos de la arquitectura clásica, reinterpretados con gran imaginación por el artista. Aparecen detalles típicos del pintor como los personajes secundarios organizados en posiciones simétricas y equilibradas, o el Padre Eterno dentro de un nimbo luminoso y rodeado por ángeles, bendiciendo en este caso al mártir que lo contempla.

Muy popular es la tabla que en el siglo XVII figuraba en la colección romana Barberini y que a finales del XIX fue adquirida por el Louvre (imagen inferior). El santo aparece solo, en primer plano y en el centro del cuadro, creando nuevamente Perugino una composición de gran simetría. Su cuerpo desnudo presenta un modelado de una belleza ideal inspirado en estatuas clásicas como el Doríforo de Policleto. Versiones similares se conservan en el Museo de São Paulo, en el Hermitage de San Petersburgo (con el santo representado inusualmente de medio cuerpo, lo que ha sugerido una posible mutilación de la tabla original) y en la Galería Borghese de Roma.

Muy original y diferente de las anteriores es la versión del santo conservada actualmente en el Museo Nacional de Suecia (Estocolmo). Aquí Sebastián se muestra al inicio del martirio (detalle en la imagen inferior), con solo una flecha que le atraviesa el costado izquierdo. Asimismo, el joven soldado cristiano está atado por las muñecas a un árbol y no a una columna, y su anatomía es la propia de un adolescente, no de los ideales clásicos de la estatuaria antigua. El singular rostro alzado sí repite la dulce apariencia típica de Perugino, sin delatar signos de sufrimiento. La escena se desarrolla al aire libre, en un paisaje montañoso que probablemente sufre la influencia flamenca que por 1490 llegaba a Florencia, representando en primer plano Perugino varias especies vegetales, entre las que destaca un lirio blanco, símbolo de pureza.

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