La iconografía de la Sagrada Familia fue cultivada por Rafael en numerosas ocasiones. De entre sus versiones sobre el tema destaca la "Sagrada Familia con San José Imberbe" del Hermitage, un óleo sobre tabla (74 x 57 cm) pintado en torno a 1506 durante su estancia en Florencia, posiblemente para su protector el duque Guidobaldo de Montefeltro. Su título hace referencia al aspecto de José, viejo y canoso pero sin la típica barba. Las líneas suaves, la armoniosa combinación de colores y la compacta composición de unas melancólicas figuras, casi sorprendidas por una premeditación resignada del trágico destino de Jesús niño, acentúan la sensación de grandeza y monumentalidad tan propia de Rafael. La influencia de Leonardo da Vinci se evidencia ya claramente, sobre todo en el claroscuro que modela las formas.

Rafael continuó explorando este asunto durante sus cuatro años en Florencia y, por las mismas fechas, pintó para Taddeo Taddei la llamada "Sagrada Familia bajo una palmera", hoy en la National Gallery de Escocia con sede en Edimbugo. Utilizó el formado del tondo o pintura en forma de circunferencia, muy popular en la Florencia renacentista para las estancias privadas. Se trata en este caso de un óleo sobre tabla, transferido luego al lienzo (101,5 x 101,5 cm), en el que aparecen detalles que pueden aludir a las Letanías lauretanas escritas en honor a la Virgen, como la fuente, las flores, o la palmera, si bien este último elemento, dispuesto entre madre e hijo, puede simbolizar también la Pasión de Cristo, al ser sus palmas emblemas de martirio.

El Museo del Prado exhibe la famosa "Sagrada Familia con el cordero", un óleo sobre tabla (28 x 21,5 cm) fechado en 1507. Se inspira en un dibujo de "Santa Ana Tríplex" de Leonardo. Rafael sustituyó a Santa Ana por San José para ofrecernos una composición diagonal en pirámide ante un encantador paisaje en el que se vislumbra, a la izquierda, una escena que parece remitir al pasaje de la Huida a Egipto, por lo que la escena puede interpretarse como un descanso en la misma. La pasión de Jesús se representa en este caso a través del cordero del sacrificio, si bien en este caso el niño es alentado a abrazarlo por la madre, mientras que en el dibujo de Leonardo impide a su hijo que se acerque, reacia a aceptar su destino en la cruz.

También piramidal, al estilo de Leonardo, es la estructura de la "Sagrada Familia Canigiani", si bien en este caso San José se sitúa al centro y se añaden las figuras de Santa Isabel y San Juanito a la izquierda. El título alude a su encargo, ya que es casi seguro que este óleo sobre tabla (131 x 107 cm) de la Alte Pinakothek de Múnich fue pintado para el florentino Domenico Canigiani, tal vez con motivo de su boda con Lucrezia Frescobaldi en 1507. Hacia 1755, François-Louis Collins tapó los angelitos de la parte superior, que ya se encontraban mutilados por un anterior recorte de la tabla. No fueron redescubiertos hasta 1982 después de una meticulosa restauración. El protagonismo del santo, muy parecido al San José del "Tondo Doni" pintado por Miguel Ángel, se justifica por el considerable aumento que tuvo su devoción durante el siglo XVI.