La influencia del desnudo de Miguel Ángel acerca esta pintura a los cartones realizados por Rafael para la capilla que Agostino Chigi, un influyente banquero papal de origen sienés, tenía en la basílica romana de Santa Maria del Popolo. Dichos trabajos de Rafael, muy influenciados por Bramante en el plano arquitectónico y por Buonarroti en el pictórico, consistieron en el diseño del recinto y la ejecución de los cartones como plantilla para los mosaicos de la cúpula, los cuales fueron realizados por el veneciano Luigi de Pace en 1516. Hoy en día esta capilla encargada por Chigi, para quien Rafael ya había trabajado en la Villa Farnesina, es el único de sus espacios religiosos que se conserva en su forma original. Los cartones se han perdido, pero subsisten algunos dibujos preparatorios que confirman la originalidad de la obra, concebida para una visión desde abajo.

Respecto al San Juanito, quizás fue pintado para Adrien Gouffier, cardenal de Boissy y gran director espiritual de Francia durante el reinado de Francisco I. En 1532 sería colocado en la Colegiata de San Mauricio, ubicada en la localidad francesa de Oiron, por un sobrino del cardenal, Claude Gouffier, cuyo escudo de armas se agregó en la parte superior de la composición. Fue en 1670, cuando pasó a la colección real en tiempos de Luis XIV como un regalo de François d'Aubusson, cuando el escultor Robert de La Lande le realizó el espectacular marco barroco en madera de roble dorada que todavía se mantiene.

San Juanito aparece casi desnudo en el desierto, cubierto únicamente por una pelliza de pelo de camello que cae sobre su hombro izquierdo. Se le representa montado a horcajadas sobre un tronco mientras realiza con el índice de su mano derecha uno de sus gestos más típicos: señalar al cielo, es decir a Jesús, de quien fue precursor. Como hemos apuntado, las formas atléticas y voluptuosas del cuerpo se derivan de las realizadas por Miguel Ángel en la bóveda de la Capilla Sixtina, para la que Rafael diseñó los ya comentados tapices.

La pintura se conserva en el Museo del Louvre (París) y mide 135 x 142 cm. Originalmente pintada sobre tabla, el traspaso al lienzo, una práctica muy común en Francia para las pinturas antiguas, data de 1777. Ello conlleva hablar nuevamente de una obra de Rafael con un frágil estado de conservación. Tanto la fecha de 1516-1517 que se baraja para su ejecución, como el hecho de no compartir la gran excelencia de otras piezas autógrafas, dan por segura la participación de ayudantes en la realización de este San Juanito, tal vez Giulio Romano, si bien el diseño corresponde a Rafael, que quizás también intervino en la realización de algunas partes.

Otra versión sobre el tema (imagen inferior) se conserva en la galería florentina de los Uffizi, si bien en este caso Rafael se limitó solo al diseño. Según Vasari fue realizada para el cardenal Jacopo da Carpi, pero seguramente el cliente fue Pompeo Colonna, quien se la regalaría al papa León X cuando le invistió cardenal, de ahí la presencia del santo protector de Florencia, ciudad natal del pontífice. El San Juanito de los Uffizi, algo denostado en la actualidad por confirmarse que fue hecho por el taller de Rafael hacia 1518-1519, gozó de celebridad en el pasado, como lo demuestran las numerosas copias antiguas que existen de la obra. Se diferencia de la pieza del Louvre en la postura frontal del santo, los caprichosos efectos de luz y el exotismo de la pelliza. Ambas pinturas comparten sobre todo el gesto del Bautista, su anatomía miguelangelesca y el fondo vegetal, más rocoso en el caso del óleo de los Uffizi, que fue pintado en origen sobre lienzo (135 x 147 cm).