Los disturbios de la Guerra Civil española en 1936 mermaron considerablemente la producción de Torcuato Ruiz del Peral, entre la que se encontraba su obra más ambiciosa y de mayor envergadura: toda la escultura del coro de la Catedral de Guadix, que le llevaría desde su madurez hasta su fallecimiento, debiendo ser concluida por su discípulo Cecilio Trujillo. Talladas en madera de ciprés, las figuras representaban principalmente a padres fundadores y apóstoles. Las actuales esculturas son del escultor e imaginero granadino Ángel Asenjo, quien hizo unas tallas también barrocas pero con identidad propia, huyendo de la copia servil de las primitivas.

También en la Catedral de Guadix hay que lamentar la pérdida de la imagen de Santa Teresa de Jesús, una de sus creaciones primerizas, y de la magnífica Virgen de Belén, claramente emparentada con la de Valderrubio. Los púlpitos en mármol del templo, una de las primeras contribuciones de Peral, afortunadamente se salvaron, si bien sus esculturas quedaron dañadas. En la localidad accitana también se perdió la Virgen de las Angustias, aunque, como ya comentamos, se salvaron el rostro de la Virgen y un fragmento de la mascarilla del Cristo.

Otra pérdida lamentable fue la de la Dolorosa de la Colegiata de Baza, considerada por Gallego Burín la mejor de sus obras sobre dicha iconografía. Respondía a la tipología sedente, con actitud reflexiva, manto amplio y aristado y manos cruzadas sobre el pecho, muy al gusto de José de Mora. También del mismo templo eran las imágenes destruidas de San Francisco de Asís y San Antonio de Padua.

En Granada capital se perdió la imagen de San José con el Niño del templo del Salvador, heredera del arte de Alonso Cano y Pedro de Mena. En Purullena (Granada) desapareció el San Antonio de Padua con el Niño.

Muy significativa fue la desaparación de los hermanos mártires Juan y Pablo, tanto por ser los patronos de Exfiliana, como por ser la localidad natal de Peral. Según López-Muñoz, dichas obras nos recuerdan a la imagen de San Pantaleón que José de Mora hizo para la parroquial granadina de San Gil.

Por último, dentro de esta selección, mencionar las recientes asignaciones de obras que procesionaban en la Semana Santa de Almería, todas ellas desaparecidas. Es el caso de la Virgen de los Dolores de la Hermandad del Santo Entierro, atribuida por García Sánchez, o de Nuestro Padre Jesús Nazareno, que Asenjo y otros expertos aseguran de Ruiz del Peral, mientras García Sánchez lo considera de José de Mora.