Durante todo el siglo XIX, la Congregación del Caballero de Gracia -hoy Asociación Eucarística- tenía la ilusión de que en el templo hubiera un Crucifijo, bien presidiendo, o para las funciones de Cuaresma, o a los pies del Oratorio para que los fieles puedan besarlo. En acta de abril de 1883 se lee: "el señor Uribe indicó sería conveniente colocar un Cristo a los pies de la Iglesia de modo que fuese fácil besarle los pies y así se acordó para cuando se pudiera". En junta de julio de 1885 el Sacristán Mayor pone en conocimiento de la Junta que la señora Condesa de Albranca "ha hecho regalo de un hermoso crucifijo"; la Junta acepta la donación, recuerda la decisión tomada en abril de 1883 y comisiona al Sacristán Mayor para que busque sitio oportuno y lo adorne convenientemente y sea colocado a la adoración de los fieles.

Para el 21 de septiembre de 1885 el Cristo de la Agonía ya estaba colocado, y en abril de 1886 se le nombra a título personalísimo y honorífico Primer Rector del Oratorio; caso insólito en los anales jurídicos de la Congregación. El Cristo fue colocado a los pies del Oratorio, a la derecha de la entrada principal, rodeado de una verja de madera adornado con un dosel forrado en rojo y una talla de flores y hojas policromada en oro.

El Cristo no salió del Oratorio hasta 1936: las fotografías anteriores a 1936 que se conocen, prueban este hecho ya que muestran la imagen con los adornos descritos anteriormente y que desaparecieron durante nuestra guerra civil. En agosto de 1936 fue destruido el dosel de 1885 y el Cristo fue mutilado a golpes de hacha en su muslo y rodilla derechos. También sufrió rozaduras en la cabeza y todo el resto del cuerpo. En esa fecha se trasladó al Museo de Arte Antiguo de la calle Serrano; el 7 de septiembre de 1937 fue trasladado al Prado y fue recuperado por el Oratorio el 24 de junio de 1939. En enero de 1940 fue restaurado provisionalmente por los Talleres de Arte Granda y en octubre de 1941 salió de nuevo a la Dirección de Bellas Artes (Comisaría de Defensa del Patrimonio Artístico Nacional) donde se realizó una restauración de los desperfectos citados; el entonces Museo de Reproducciones hizo en noviembre de 1941 una reproducción de la imagen. Por último, durante la restauración dirigida en 1979 por Fernando Chueca, los hermanos Cruz Solís, escultores-restauradores del Instituto Nacional de Restauración, acometieron la última restauración, casi definitiva y de gran calidad artística.

La imagen es del siglo XVII (1650) y se halla atribuida al escultor e imaginero Juan Sánchez Barba. Se trata de una talla de indudable valor y belleza, de Cristo aún vivo, agonizante, con una expresión conmovedora en su rostro y en la mirada en particular; el cuerpo, de tamaño natural, está perfectamente esculpido. En 1975, el Marqués de Lozoya, autoridad indiscutible en la historia del arte, en visita al Oratorio dijo que el Santo Cristo de la Agonía "era el que más le gustaba de los que conocía en España". Por su parte, Palomino elogiaba de esta forma a uno de los hitos de la escultura madrileña del barroco: "...y el Santo Cristo de la Agonía, que se venera en el Convento de los Padres Agonizantes en capilla aparte; que esta sola efigie basta para hacerle digno de este lugar, y del inmarcesible laurel de la Fama,...".

El Santo Cristo de la Agonía procede del Hospital de Agonizantes que había en la madrileña calle Fuencarral. Aunque no hay documentos que lo certifiquen, es posible que la Condesa de Albranca lo adquiriera del Hospital, tal vez con ocasión de la desamortización de 1836.

Hoy se puede admirar al Cristo en todo su esplendor en el Real Oratorio del Caballero de Gracia tras las citadas restauraciones, sobre todo la más cercana y certera de 1979 que devolvió nueva vida a su ennegrecida policromía, valorando la calidad pictórica de sus carnaciones. De hecho, conserva la pintura original, y es, en efecto, obra notabilísima, con un desnudo bellísimo, de proporción elegante y carente de cualquier atisbo de exageración, con un suave arqueado que nos recuerda las obras de los escultores Alonso Cano y Manuel Pereira. En 2006, Talleres Granda enmarcó la imagen en madera dorada con oro alemán al mixtión y policromada imitando el mármol; el fondo va grabado y policromado. A los pies, una cartela con una oración a Jesús crucificado.