La Capilla de San José en Toledo fue la primera capilla de la cristiandad que se puso bajo la advocación de este santo. Esta obra que la preside inició también un nuevo modo de representar al Patriarca, conocido como San José itinerante. El santo aparece como guía y como protector del Niño Jesús. El Greco consigue hacer aún más hincapié en la paternidad del santo, porque su modo de integrar las dos figuras sugiere la idea de cobijo.

En la obra del Greco además se añade otra escena en la parte superior: la coronación del santo. Gracias a la forma en la que están distribuidos los ángeles que lo coronan y al uso arbitrario de la luz parece que el Patriarca está rodeado por una aureola. Además las coronas de flores permiten introducir toques de color en el celaje, que destacan entre los tonos grises, blancos y azules. Es cierto que también tienen una función iconográfica: los lirios simbolizan la pureza y la castidad, las rosas el amor y el júbilo celestial, y los laureles la fama eterna. Estos significados nos remiten a la "Suma de los dones de san José", donde se describe como recibió la triple corona del martirio (representada a través de las rosas), de la virginidad (los lirios) y del doctorado (el laurel).

La monumentalidad del santo contrasta con la línea del horizonte, que está muy baja. Esto subraya el sentido ascendente de las figuras, pero también tiene una función iconográfica: el santo se remonta sobre la Tierra en tamaño sobrehumano: un gigante que custodia y vela el mundo. Por lo tanto San José no solo aparece cobijando al Niño Jesús, también se muestra como el protector del mundo y especialmente de Toledo. Por eso el Greco representó la ciudad como telón de fondo. La vista de este paisaje está tomado desde el puente de Alcántara, pero se altera la disposición de los edificios para poder representar todos los monumentos emblemáticos: el castillo de san Servando, el puente de Alcántara, las murallas, la torre de la catedral y el Alcázar.

El significado del cuadro se completa en la escena de la "Coronación de la Virgen" que corona el retablo. El profesor Soehner considera que nos encontramos ante un único programa pictórico dedicado a la Sagrada Familia que se divide en dos zonas para reflejar su naturaleza divina y terrenal.

En esta obra también se muestra el tema de la redención. San José -que aparece con un cayado de pastor y no con una vara florida- protege al Cordero de Dios. Los cielos plomizos y acerados, que ensombrecen la ternura de esta escena, anticipan la Pasión de Cristo. Además, su ubicación en el altar mayor nos recuerda que en la misa se conmemora el sacrificio incruento de Cristo.

El Greco, que lleva el arte trentino hasta sus últimas consecuencias, consigue reflejar las directrices que se habían dado en este concilio sobre la consagración y la justificación. Podemos decir que San José es coronado gracias a sus buenas obras, pero también por los méritos de Cristo. Además se representa demacrado y descalzo, reflejando la importancia que la espiritualidad castellana del siglo XVI daba a la contrición personal.

Esta obra pictórica fue realizada por el Greco entre 1597 y 1599 para el retablo principal de la Capilla de San José de Toledo, también conocida como la Capilla de los Capellanes. En 1597 Martín Ramírez, el capellán y el segundo patrono de la Capilla de San José, encargó al Greco tres retablos para este templo.

El Greco diseñó los tres retablos de la capilla. De todas formas en el siglo XVII se modificaron. En el caso del retablo principal, el artista solo diseñó el cuerpo central al que se añadieron algunos elementos decorativos barrocos durante el XVII. Dicho cuerpo central destaca por su dinamismo y por su diseño, que se aleja de los retablos tradicionales españoles. En este caso el retablo es el equivalente de un marco y sirve para exaltar la pintura central de San José con el Niño.

En 1907 Joaquín María de Mencos y Ezpeleta, conde de Guenduláin, vendió a un marchante francés las obras que El Greco había realizado para los retablos laterales: "San Martín y el mendigo" y "La Virgen, el Niño y las santas Inés y Martina". Las obras terminaron en la National Gallery de Washington. Fue una venta muy polémica, que indignó a los historiadores del arte y a los periodistas. Este escándalo permitió conservar las obras del retablo principal. Álvarez Lopera afirma que posiblemente no se vendieron porque, después del aluvión de críticas que había recibido, el conde de Guenduláin no se atrevió a hacerlo.