La gran obra del cardenal Tavera en Toledo fue, sin duda, el Hospital de San Juan Bautista, conocido popularmente con el nombre de su fundador, extramuros de la ciudad. Es el primer gran edificio del renacimiento clásico que se construye en Castilla, y en él se integra la gran capilla funeraria del cardenal. Alonso de Covarrubias es el arquitecto encargado de la dirección de las obras, que concluyeron muchos años después de la muerte de Tavera.

En 1541 el cardenal Tavera escogió en la Catedral de Toledo un lugar para su sepultura, frente a la tumba del cardenal Mendoza y próximo a sepulcros reales. Por estas y otras razones de fábrica, el cabildo de Toledo acogió la elección con regular agrado. Tavera creyó que todas las dificultades se allanarían pidiendo al emperador una recomendación, pero Carlos V apenas dio importancia al asunto y mandó que se hiciera lo que dictara el Consejo de Castilla. Esta sugerencia imperial no era aceptable para Tavera, y así se lo dijo el cardenal a Francisco de los Cobos, dándole también a entender que se enterraría en otro sitio. Así fue en realidad. Tavera abandonó la idea de su sepultura en la catedral y mandó erigir un bellísimo mausoleo en el hospital que había fundado en las afueras de Toledo.

El material en que se debía esculpir el sepulcro, contratado en 1554, era mármol de Carrara. El mismo año del contrato de la que sería su última obra, Alonso Berruguete contrataba otra funeraria, el sepulcro de Pedro Fernández de Velasco, IV Condestable de Castilla. En ambos casos la extracción de los bloques de mármol en las canteras italianas y su transporte a España se contrataron con Juan de Lugano, marmolista milanés avecindado en Génova.

Por imposición del contrato, en el que se indicaba que debía seguir las líneas del monumento funerario del cardenal Cisneros, Berruguete no fue original en la tipología, pero sí en la impresionante cabeza del difunto, que denota la persistente fuerza creadora de Berruguete en su ancianidad.

El sepulcro, dañado en la Guerra Civil y posteriormente restaurado, está compuesto por la urna donde yace el cuerpo del cardenal don Juan de Tavera, su fundador; encima y a un lado, el busto del purpurado, un medallón representando a San Ildefonso que recibe la casulla de manos de la Virgen, y niños llorosos que sostienen las armas del prelado; al otro lado, medallón con la Caridad; al lado del evangelio, la figura de San Juan Bautista; en el de la epístola, Santiago el Mayor; junto al Bautista, escenas del bautismo y degollación del Precursor de Cristo; junto a Santiago, su imagen a caballo y la traslación de su cuerpo en un carro arrastrado por bueyes; en los ángulos, Virtudes con ornamentación de calaveras y niños.

El cardenal Tavera murió en Valladolid, donde celebraba las exequias de la princesa María Manuela de Portugal, primera esposa de Felipe II, fallecida al dar a luz al infante don Carlos. En su testamento había constituido como heredero universal a su reciente fundación del Hospital de San Juan Bautista de Toledo, donde mandó enterrarse. Mientras se terminaba su capilla funeraria, el cuerpo fue depositado en la iglesia mayor de Valladolid. A finales de agosto del año 1552 sus restos fueron trasladados a Toledo, reposando desde entonces en el magnífico mausoleo que realizó Berruguete.

El rostro del cardenal presenta una expresión cadavérica, fiel transposición de la mascarilla póstuma que sirvió de modelo al autor y que aún se conserva en el museo. La máscara mortuoria que del Cardenal Tavera modeló Alonso de Berruguete fue realizada en yeso, sirviendo de guía, como hemos apuntado, para el sepulcro del cardenal que el escultor labró en mármol de Carrara, y que décadas más tarde utilizaría El Greco para inmortalizar al fundador del Hospital de San Juan Bautista de Toledo.