Contratado en diciembre de 1596, el retablo mayor del colegio madrileño de Doña María de Aragón comprendía, al margen de la arquitectura del retablo y de varias esculturas, que han desaparecido, siete cuadros: el Bautismo de Cristo, la Anunciación y la Adoración de los Pastores en el piso bajo, y la Crucifixión, la Resurrección y la Pentecostés en el ático. El séptimo cuadro, quizás más pequeño, hoy desaparecido y cuyo tema desconocemos, ocuparía la espina del retablo o estaría situado en la calle central entre la Crucifixión y la Resurrección.

El Colegio de la Encarnación, llamado de Doña María de Aragón por su fundadora, fue enteramente costeado por Doña María de Córdoba y Aragón, una mujer de quien tenemos pocos datos. Conocemos por González Dávila que fue dama de Ana de Austria, cuarta esposa de Felipe II y dueña de honor de la infanta Isabel Clara Eugenia. Se sabe también que hizo voto de castidad muy joven, aunque decidió no profesar en ningún convento, y que cedió el colegio a los agustinos porque lo era su confesor, el hoy santo Alonso de Orozco. Este singular personaje, fraile y escritor místico, corrió a cargo de la concepción y desarrollo del retablo.

Las piezas que componían el retablo, todas ellas realizadas por El Greco entre 1596 y 1600 en su taller de Toledo, fueron a parar a distintos lugares tras su desmontaje en 1814, hasta recalar todas ellas en el Museo del Prado, a excepción de la Adoración de los Pastores que se encuentra en Bucarest, en el Museo Nacional de Arte de Rumanía. El catálogo del año 1893 del Prado, donde actualmente se encuentra el Bautismo de Cristo, lo incluye entre las pinturas primeramente albergadas en el Museo de la Trinidad y hace notar que procede de la iglesia del Colegio de Doña María de Aragón. Varios factores apoyan ese aserto: el Bautismo se corresponde en su estilo con otros trabajos documentados a finales de la década de 1590, y lógicamente podría formar parte del programa de la vida de Cristo. Como la Anunciación, constituye una asombrosa interpretación de uno de los temas básicos del arte cristiano, reflejando muchos de sus infrecuentes motivos las preocupaciones de sus patronos.

Las figuras de San Juan y de Cristo son quizá lo más convencional de la escena. La piel curtida del Bautista, la figura delgada y la indumentaria de pelo de camello, de acuerdo con la iconografía tradicional, reflejan sus años en el desierto. Para Alonso de Orozco, la humilde actitud de San Juan en el Jordán demuestra que todo sacerdote debe confesarse y arrepentirse de los pecados cada vez. La figura de Cristo, casi desnudo y arrodillado, se corresponde también con la de las meditaciones de Alonso, quien decía que Cristo se mostró desnudo ante San Juan como anticipo de las humillaciones de la Pasión, al despojársele de sus prendas. Además, su postura expresa obediencia y voluntad de aceptar el sacrificio de su propia vida. Los hombros caídos y la fuerte inclinación hacia abajo de la cabeza intensifican esa voluntad de rebajarse.

El hacha que aparece ante el ángel situado entre San Juan y Cristo, además de recordar a los fieles el destino que les esperaba si no cumplían sus obligaciones de cristianos, es un emblema del sermón que, tras la llegada de Jesús al Jordán, pronunció San Juan: el hacha de Cristo se cernía sobre los judíos que no habían logrado vivir en consonancia con su categoría de pueblo elegido de Dios. Esta denuncia pudo servir a Orozco y sus seguidores porque podría fundamentar su fanática postura y su proposición de que fueran ejecutados todos los judíos. La idea de que los pecados de los judíos proporcionaban motivos para su destrucción en la era cristiana fue probablemente también la causa de que se eliminará el buey de la Adoración de Bucarest.

Un grabado de Aranda pudo servir de inspiración a El Greco en detalles como las posturas de Cristo y San Juan, las superficies irregulares de las rocas, el agua brotando entre las rocas y uno muy insólito: la reducción del caudaloso río Jordán a dos estrechos riachuelos, pues Aranda destaca el hecho de que el Jordán se redujo en el momento que tuvo lugar el Bautismo. El compacto grupo de ángeles detrás de Cristo y la visión celestial de la parte superior sacan a la pintura del nivel terrenal ordinario, y llevan al espectador a contemplar los significados simbólicos y místicos que le asignó Alonso. El ángel arrodillado entre los dos protagonistas constituye otra originalidad iconográfica: mediante un elocuente empleo de los gestos, El Greco muestra esa figura actuando de intermediaria del Hijo y el Padre, que a través del ángel reconoce a Cristo como Hijo suyo.

El Greco ilustró con precisión en el Bautismo de Cristo (óleo sobre lienzo, 350 x 144 cm) la metafórica concepción de Orozco del Bautismo como la pérdida de las antiguas vestimentas y la concesión de otras nuevas. El brillo y la luminosidad de las ropas se corresponden con la descripción de Orozco de los vestidos de la persona que ha vuelto a nacer. El vívido color rojo sugiere el sacrificio que Cristo acepta al recibir el Bautismo. Los vestidos sostenidos por encima de Cristo, como un baldaquino sobre el altar, enfatizan las implicaciones eucarísticas de la escena y expresan la interpretación de Orozco del Bautismo como parte de la Misa. La reverenciosidad con que el ángel de la izquierda mira las prendas intensifica su importancia como sacramento.

Otra famosa interpretación del Bautismo de Cristo (imagen inferior), pintada por El Greco en el año 1509 con importante colaboración de su hijo Jorge Manuel, se conserva en el Hospital Tavera de Toledo.