Esta obra eleva las preocupaciones espirituales por encima de la representación del mundo físico. Jesús se muestra orando en el Huerto de Getsemaní -situado en el Monte de los Olivos, en las afueras de Jerusalén-, poco antes de su arresto por sus enseñanzas. Judas y los soldados romanos se acercan por la derecha.

El Greco transmite la lucha espiritual de Cristo -su agonía- ante su Crucifixión venidera -representada en el cáliz que el ángel sostiene en su mano izquierda- a través de su expresivo rostro y de la confusa sensación de espacio y forma -¿dónde está exactamente el ángel en relación con los apóstoles dormidos?-, en un paisaje de colores estridentes e iluminado por una luz que parece de otro mundo. No existe unificación: cada figura o cada grupo de figuras parece aislarse en una especie de compartimento dentro de un espacio ambiguo y poco profundo, en el que nubes y rocas parecen salidas del mismo material.

Aunque El Greco mezcla aspectos de las narraciones recogidas por los cuatro evangelistas, es el pasaje de San Mateo el que mejor se adapta a la escena: "Otra vez fue y oró por segunda vez, diciendo: Padre mío, si no puede pasar de mí esta copa sin que yo la beba, hágase tu voluntad" (Mt 26, 42).

Pintada en la década de 1590 (óleo sobre lienzo, 102 x 131 cm), hablamos de una composición simbólica de inspiración bizantina -visible sobre todo en el rayo de luz divina que surge del ángulo superior derecho, elemento frecuente en la formación del artista cretense-, pero cuyas formas ya no tienen contacto con lo concreto y solo son expresión de ideas abstractas. Se crean extraños contrastes de luz y oscuridad. Algunos detalles, como el sueño de los apóstoles Juan, Pedro y Santiago, parecen cargados de alguna revelación freudiana.

La obra se conserva en el Toledo Museum of Art (Ohio, Estados Unidos). El Greco aúna en ella la tradición artística de su Creta natal, el arte del Renacimiento italiano -sobre todo de los maestros Tiziano, Tintoretto y Bassano, ya que pasó casi una década entre Venecia y Roma-, y la profunda espiritualidad de la Contrarreforma, de gran calado en España, donde vivió desde el año 1576 hasta su muerte. Su estilo visionario era ideal para expresar la ferviente emoción de este resurgimiento de la fe católica.

Según Bouleau, con La Oración en el Huerto, El Greco lleva mucho más lejos la abstracción de obras anteriores. Las formas ya no se organizan alrededor de una ornamentación, de una curva armoniosa, sino -como hizo luego Chagall- en torno a una idea: el roquedo desnudo, situado tras la imagen de Cristo -arrodillado en el centro del cuadro-, recuerdo de las montañas escarpadas de las miniaturas de los siglos XIII y XIV, no es más que un telón, una mandorla, que aísla a Jesús en su sufrimiento; y el sueño de los apóstoles está representado de forma sobrecogedora, aunque puramente intelectual, por la concha ovoide que los encierra.

El tema fue repetido varias veces por El Greco y sus discípulos. Destacamos la copia de taller que se conserva en la National Gallery de Londres y la versión original de la iglesia de Santa María la Mayor, en Andújar (Jaén), cuya composición pasa de horizontal a vertical, dividiendo el artista en dos la composición (imagen inferior).