Numerosas fueron las obras perdidas de este templo tras la Desamortización, como son los dos retablos de Juan Martínez Montañés: uno, dedicado a San Francisco y a la Magdalena con las Dos Trinidades, se lo encarga Francisca de León en 1605; actualmente, sus obras están dispersas: las pinturas de Francisco Pacheco en el Prado, las dos únicas tallas conservadas, San José y la Virgen, en el templo sevillano de San Antonio Abad, y en el Museo de Bellas Artes de Sevilla, dos parejas de retratos se consideran de este retablo. El segundo retablo de Montañés llegó en 1608, encargado por el sombrerero Miguel Jerónimo, con talla del maestro y pinturas de Pacheco; en este caso, sus pinturas se encuentran en el Museo de Pontevedra y en el Museo de Bellas Artes de Sevilla, y respecto a la escultura, es posible que perteneciera al mismo la talla de San Nicolás de Tolentino atribuida a Juan de Mesa, discípulo de Montañés, que ha adquirido el Museo Nacional de Escultura.

Precisamente a Juan de Mesa el padre fray Francisco de la Cruz, el 8 de agosto de 1620, le encargó un San José con el Niño, siguiendo el modelo existente que se le indica en el convento sevillano de los Remedios. Se podría identificar con la imagen recién restaurada de las Carmelitas de la Caridad de Sevilla.

Miguel Jerónimo, el 29 de agosto de 1616, concertó otro retablo, en esta ocasión dedicado a San Francisco, con talla de Andrés de Ocampo, mientras que el estofado y policromía serían de Pedro Calderón. Con Francisco de Ocampo, sobrino de Andrés, concertó en 1608 Francisco de Molina Quesada, regidor de Tenerife, dos imágenes de un Niño Jesús y un San Juan Bautista; aparece en dicho contrato el vicerrector del convento, fray Juan de la Purificación, aunque no sabemos si estas imágenes eran para el Santo Ángel, por mucho que el año del contrato coincida con el de la inauguración del convento y el encargo de tantas obras para el mismo.

Con otro gran escultor del barroco sevillano, Pedro Roldán, concertó Pedro de Paiba en 1679 un retablo para la sacristía que no se ha conservado. Del legado de los Paiba, muy vinculados a la comunidad, se conserva la talla de Santa Ana, ya estudiada en la entrega dedicada a Roldán. Volviendo al retablo, tenía escultura que aportó la comunidad, salvo el Crucificado de tamaño menor del natural que haría Roldán, obra tampoco conservada.

Con Francisco de Zurbarán se relaciona no sólo la serie de los ángeles de la nave central, ya estudiada, sino también la pintura "Cristo coronando a San José", del Museo de Bellas Artes de Sevilla, en cuyo primer inventario Matute cita una obra con este tema ubicada en el lateral izquierdo del presbiterio. Después aparece citada como del convento mercedario de San José; sin embargo, Odile Delenda le ha devuelto su origen al Santo Ángel ya que no coincide iconográficamente con el programa de la merced descalza de Sevilla.

Una obra de Pedro Pablo Rubens aparece citada por Ceán Bermúdez como original del famoso pintor flamenco. Representaba la "Trinidad" con medias figuras de santos, que para unos eran San Juan Evangelista y San Pablo, y para otros San Mateo. González de León también lo cita como original del maestro, mientras que Ponz lo admite como de su estilo. Lo llamativo es que aparece una Trinidad de Rubens entre los cuadros sustraídos por los franceses y depositados en el Alcázar. A partir de este momento está en paradero desconocido.

Por último, el 10 de febrero de 1670, Diego Díaz concertó el dorado y estofado del retablo que Francisco de Mendoza tenía en la iglesia, del que no sabemos más noticias, y el 30 de octubre de 1626 el ensamblador Jerónimo Velázquez concierta con Juan Pérez Enríquez un retablo dedicado a la Trinidad, que es el que contenía la famosa pintura atribuida a Rubens, ya que dicho retablo era para insertar pinturas.