Desde que fuera tallada por el insigne Juan Martínez Montañés en 1617 el Crucificado de los Desamparados se convirtió en la imagen más destacada del templo carmelitano del Santo Ángel, como lo sigue siendo hasta el día de hoy. Es la única de las obras de Montañés que permanece en el templo, pero como hemos visto no fue la única. La relación del maestro de Alcalá la Real con el templo fue muy intensa.

Hasta en tres ocasiones trabajó para este convento de frailes carmelitas descalzos, no sólo por la proximidad de su taller, sino posiblemente por la buena relación que se formó con esta comunidad. En estas relaciones figuran Montañés, Pacheco y el fraile descalzo de este convento fray Luis de la Cruz, al que Pacheco retrata y elogia como uno de los mejores predicadores del Reino. Esta relación comienza aun antes de terminarse a construir el templo, proyectado por Alonso de Vandelvira gracias al patrocinio de la Real Audiencia, patronos del convento y que tienen a Vandelvira como arquitecto entre los años 1595 y 1606.

Montañés trató el tema del crucificado en varias ocasiones, desde el de la Merced de Lima, entre 1602 y 1603, pasando por el famoso de la Clemencia o de los Cálices, entre 1603 y 1606, hasta otro para Lima, en la Catedral, de 1607. Este del Santo Ángel sería el último a tamaño natural que tallaría el maestro en un momento de plenitud, cuando recibe el encargo del retablo de San Miguel de Jerez de la Frontera. Después lo volvería a tratar en la década de 1620, en menor tamaño y siguiendo al del Santo Ángel, para el remate del retablo de Santa Clara, en un grupo sobre la Trinidad.

Representa a Cristo muerto sobre la cruz haciendo gala, como detalla Roda Peña, de un estilizado canon de proporciones y ese elegante clasicismo espiritualizado, impregnado de suave naturalismo, que se observa en las mejores creaciones del maestro. Si la Clemencia lo muestra vivo y sobre cuatro clavos, éste aparece muerto y unidos los dos pies con un solo clavo. En su visión frontal, la cabeza se apoya dulcemente sobre el pecho, a su lado derecho, con una suavidad que cala en el espectador. Sin embargo, contemplándolo desde abajo pone de relieve el drama del sufrimiento del Hijo de Dios.

El tratamiento anatómico es magistral, con modelado exquisito tanto en su parte frontal, como en la espalda que deja el sudario más bajo para mostrar el trabajo detallado con absoluta maestría. El paño de pureza presenta una complejidad y resolución exquisitas, envuelto dos veces alrededor de la cintura y anudado en su costado derecho, precedente, sin duda, de los que talle a continuación Juan de Mesa.

La policromía, que se ha puesto en relación con Francisco Pacheco a raíz de su restauración presenta una capa de preparación muy fina, con lo que el efecto de los volúmenes de la anatomía se consigue con la talla de la madera y los valores pictóricos de la maravillosa encarnadura. Presenta el "titulus crucis" original, que también puede deberse a Pacheco, ya que sigue las indicaciones que escribe en su tratado a la hora de pintarlo con el texto de la sentencia en legua hebrea, griega y latina. 

La restauración en el Instituto Andaluz del Patrimonio Histórico (IAPH), entre el 26 de octubre de 2006 y el 22 de enero de 2008, rescató las tonalidades verdes y tierras de la corona de espinas, la riqueza de tierras sombras en la barba, y el rojo oscuro de la sangre que recorre su cuerpo, que ya comienza a coagularse.

Ha figurado en numerosas exposiciones, comenzando a llamar la atención en la que se celebró en la Real Audiencia en los meses de mayo y junio de 1995, donde se convirtió en el punto de mira central de la misma. Anteriormente se expuso en el Hospital Real de Granada, en 1991, donde estuvo junto a otro Crucificado de Pablo de Rojas, maestro de Montañés. Entre octubre de 2001 y enero de 2002 figuró en una espléndida muestra de crucificados bajo el título "Y murió en la cruz" en las ciudades de Córdoba y Sevilla.

En todas las muestras la imagen se presentó sin restaurar, de ahí la gran sorpresa que supuso desde que, a raíz de su limpieza en el IAPH, fuese requerida desde el 21 de octubre de 2009 al 24 de enero de 2010 en la National Gallery de Londres, y desde el 28 de febrero al 31 de mayo de 2010 en la National Gallery de Washington. La siguiente ocasión ha sido en "Las Edades del Hombre" en Ávila durante 2015, con motivo del V Centenario del nacimiento de Santa Teresa de Jesús, destacando en el centro de la iglesia abulense de San Juan.

Memorable fue la exposición "Presencia" en el crucero del Santo Ángel, donde pudieron contemplarse por primera vez juntos el Cristo de Montañés junto al de su maestro Pablo de Rojas y al de su discípulo, el Crucificado de la Agonía de Bergara, obra maestra de Mesa. La exposición fue visitada por más de 120.000 personas. Por último, entre noviembre de 2019 y marzo de 2020 estuvo en la muestra dedicada al maestro en el Museo de Bellas Artes, junto al Cristo de la Clemencia, en un momento histórico y artístico irrepetible.

Entre las imágenes de Jesús Niño que se exhiben en la sala de la Infancia de Jesús en el Carmelo del Museo del Santo Ángel, llama poderosamente la atención el Niño Jesús popularmente conocido como "El Montañesino", magnífica talla de gran calidad del entorno de Martínez Montañés, donada recientemente al convento del Santo Ángel, que conserva en perfecto estado la policromía original así como el estofado del cojín donde se apoya. Sigue con fidelidad el modelo del maestro alcalaíno para el Sagrario de la Catedral de Sevilla.

También en el museo, en hornacina tallada y policromada en negro, se encuentra otro Niño Jesús, tal vez el mejor de los labrados en plomo policromado que posee la colección, obra indudable del taller de Martínez Montañés, muy bien conservado, con peana original manierista.

Por último, en el altar de San José del templo, se encuentra otro Niño Jesús recibido en diciembre de 2019 como donación al convento. Se ha ubicado en una bella hornacina del siglo XVIII. Se trata de un original, también en plomo, salido del taller de Martínez Montañés, revestido de telas encoladas. Presenta una altísima calidad, considerándose uno de los mejores que conocemos entre la numerosa producción que salió del taller montañesino. Al ser restaurado se ha podido apreciar que las vestiduras fueron puestas en su origen, ya que no está policromado en su parte interior, mientras que la policromía del resto es original. Aparece en actitud de bendecir, destacando el bellísimo rostro y el minucioso tratamiento del cabello.

La imagen del Cristo de los Desamparados ha tenido diferentes ubicaciones en el interior del templo. En 1963 se traslada a la capilla sacramental, antigua de Santa Teresa, levantada por Aníbal González en 1906; para ello, el arquitecto Alberto Balbontín de Orta le diseña el retablo marmóreo donde se venera en la actualidad. Por ello, no queríamos concluir sin hacer mención al sagrario cincelado y repujado por Manuel Gabella Baeza que se halla bajo sus pies, joya de la platería religiosa contemporánea, estrenada también en 1963.

Dicho sagrario se halla concebido a modo de templete con esquinas de orden corintio sobre basamentos, con fuerte arquitrabe y rematado con cubierta semiesférica y templete con cruz. Ángeles con elementos eucarísticos e incensario se disponen en eje sobre las columnas. La Inmaculada Concepción, inspirada en la "Cieguecita" tallada por Montañés, aparece en el templete. La puerta, semicircular, muestra el relieve de Emaús, con Cristo partiendo el pan en la mesa ante los dos discípulos. En los laterales se disponen Santa Teresa de Jesús con la Eucaristía y el profeta Elías, partiendo de la pintura de Valdés Leal; detrás, las Bodas de Caná.

El interior, en plata sobredorada, es un prodigio de orfebrería: en la parte posterior de la puerta aparece la Virgen del Carmen amparando bajo su capa a la Orden, partiendo del mismo tema de Valdés Leal; de los relieves de Montañés en Santiponce se inspira Gabella para la Epifanía y la Adoración de los pastores, mientras que el dedicado a la Multiplicación de los panes y los peces es una creación personal del autor.

La caja para la llave del Sagrario con el escudo de la Orden lleva una inscripción como signo de gratitud al prior Fray José que le encargó la obra. La llave es igualmente una pieza curiosa con el escudo de la Orden y la filacteria. Se conserva otra llave en oro con el mismo diseño para cuando el sagrario se convierte en la urna para el monumento del Jueves Santo. El conjunto se completa con los seis candeleros y los dos pies para las lamparillas realizados por el mismo orfebre y en estilo clasicista y neobarroco.